Den Bodentieren (Bodenfauna) kommt durch die Zerkleinerung von abgestorbenen Pflanzenresten und Tierleichen sowie durch ihre Lebensweise eine ebenso bedeutende Rolle im Boden zu, wie den anderen dort lebenden Organismen (Bakterien, Algen etc.). Die Bodenfauna kann nach der Größe der Tiere und nach der Art ihrer Lebensweise unterteilt werden:

Unterteilung nach der Größe
Mikrofauna (< 0,2 mm): zum Beispiel Fadenwürmer
Mesofauna (< 2 mm): zum Beispiel Springschwänze
Makrofauna (< 20 mm): zum Beispiel Regenwürmer
Megafauna (> 20 mm): zum Beispiel Maulwürfe

Unterteilung nach der Lebensweise
Bodenhafter: zum Beispiel Milben
Bodenschwimmer: zum Beispiel Nematoden
Bodenkriecher: zum Beispiel Regenwürmer
Bodenwühler: zum Beispiel Wühlmäuse

Bedeutung für die Bodenstruktur

Vor allem die grabenden und wühlenden Bodentiere sorgen für die Lockerung, Durchmischung und Umlagerung von Bodenbestandteilen (Bioturbation). Sie verbessern die Durchlüftung des Bodens, reichern den Mineralboden mit Humus an und erhöhen seine Fähigkeit, Wasser zu speichern. Insbesondere Regenwürmer, aber beispielsweise auch Schnecken, sorgen durch ihre Ausscheidungen und Schleimstoffe für ein stabiles Krümelgefüge im Oberboden. Prinzipiell würde abgestorbene organische Substanz, wie etwa Laub oder Nadeln, auch ohne Bodentiere zersetzt. Dafür sorgen Bakterien und Pilze. Doch Bodentiere beschleunigen den Abbau indem sie direkt kräftig mitmischen oder durch mechanische Zerkleinerung von organischen Substanzen den Abbau durch Pilze und Bakterien fördern. So nagen einige Vertreter der Meso- und Makrofauna an organischen Materialien mit „zähen“ Hüllschichten. So kommen Mikroorganismen leichter an die Inhaltsstoffe von Zellen. Zudem führt die Anwesenheit von Bodentieren zu wesentlich günstigeren Humusformen, etwa durch die Ausscheidung von Regenwurmkot (= Regenwurmlosung). Die Zusammensetzung der Bodentierarten und die Häufigkeit einer Bodentierart lassen daher Rückschlüsse auf die Standortqualität beziehungsweise die Bodeneigenschaften zu. Bodentiere sind somit Indikatoren oder Zeigerorganismen für bestimmte Bodeneigenschaften.