Leben im Boden: Pflanzen
Die Wurzeln der Pflanzen zählen in der Bodenkunde per Definition (bislang noch) nicht zum Edaphon. Jedoch sind sie lebende Teile der Pflanzen im Boden und bewirken in ihm eine ganze Menge. Die Wurzeln festigen den Boden und ihre Bahnen sorgen im Falle der Baumwurzeln für stabile Luft- und Wasserleitungsbahnen. Je nach Baumart wird der Boden gelockert, unter Umständen aber auch verdichtet. Beispielsweise wenn flach wurzelnde Fichten vom Wind hin und her geschaukelt werden. Dadurch kann der Boden unter dem Baum geknetet und gestampft werden. Er wird dadurch dichter.
Wurzeln scheiden zudem Kohlenstoffdioxid (CO2) ab. Im Boden verbindet sich das Kohlenstoffdioxid mit Wasser zu Kohlensäure. Sie spaltet sich wieder zu Hydrogencarbonat und Wasserstoff-Ionen, die zur Versauerung des Bodens beitragen. Pflanzenwurzeln sondern auch direkt Wasserstoff-Ionen und organische Säuren ab. Das ist auch der Grund dafür, dass Gesteine chemisch-biologisch verwittern, indem die ausgeschiedenen Säuren das Gestein angreifen.
In der Mehrzahl der Fälle wirken sich die Wurzeln der Bäume aber positiv auf den Boden aus. Vor allem unter einem gesunden Mischwald. Und gleichzeitig sorgen die Wurzeln vieler Waldbäume sogar für eine Bodenregenerierung. Denn sie nehmen, je nach Standort, aus dem unverwitterten Untergrund basische Stoffe auf, die über die abfallenden Blätter (Streu) wieder dem Oberboden zugeführt werden und somit einer Versauerung entgegenwirken.
Bei Pflanzen aus der Familie der Schmetterlingsblütengewächse (Leguminosae) hat sich sogar eine besondere Lebensgemeinschaft mit Bodenbakterien, eine Symbiose gebildet. Stickstoff bindende Bakterien der Gattung Rhizobium (= Eubakterien) leben in bestimmten Bereichen der Wurzel, den so genannten Wurzelknöllchen. Und zwar als so genannte Bakteroide ohne äußere Zellwand. Bei dieser Beziehungskiste zwischen Bakterie und Pflanze profitieren beide Partner: Die Pflanze wird mit Luftstickstoff versorgt und die Bakterien erhalten dafür im Gegenzug Kohlenhydrate und andere organische Verbindungen von der Pflanze.
Algen
Diese einzelligen, mitunter Kolonien bildenden Pflanzen leben auf dem Boden und knapp unter der Bodenoberfläche, da sie Chlorophyll enthalten und Photosynthese betreiben. Zu den Bodenalgen zählen die Grünalgen (Chlorophyceae), Gelbgrünalgen (Xantophyceae) und Kieselalgen (Diatomeae). Für den Boden sind sie von geringerer Bedeutung als Pilze und Bakterien (z. B. für Zersetzungsprozesse). Sie bilden jedoch die Nahrung für Bodentiere und haben als „Pioniere“ oder Erstbesiedler eine gewisse Bedeutung bei der initialen Bodenbildung an Extremstandorten (z. B. steinige und felsige Areale).